王琦教授根据清•徐灵胎《兰台轨范》中提出的“主病主方主药”构想,将主病主方的内涵界定为，一病多方中高度针对贯穿整个疾病始终的主导病机的方剂。如东汉时期张仲景论治百合病有百合地黄汤、百合知母汤、滑石代赭汤、栝蒌牡蛎散多方，其中高度针对百合病心肺阴虚内热这一主导病机的主方便是百合地黄汤；明•孙志宏《简明医彀》一书在各种疾病后列有主方、成方及简方。所列主方，多系参酌古今文献，结合个人经验体会的自订方，虽无方名,但立方缜密,遣药灵变,或附加减用法,均能切中病机，着意于探索多种疾病的规范化治疗，便于读者参酌选用。如选用当归、生地、白芍药为三消主方，对于上消加人参、麦冬、五味、天花粉水煎,入生藕、鲜地黄汁、人乳服，中消加石膏、知母、甘草、滑石、寒水石，下消加黄柏、知母、熟地、五味子之类。这种制方思路,在主病主方的发展源流中具有典型意义。王琦教授于临床中创用黄精赞育胶囊治疗男性不育，疏肝益阳胶囊治疗阳痿，二药已成为国家新药，海内外患者皆有服用，多效。主病主方有别于一病一方的专病专方，也异于一方可治多病的通治方。